Якутская транспортная прокуратура, проверив «Правила перевозки пассажиров, багажа и груза», утвержденных генеральным директором ОАО АК «Якутия» 12 января 2006 года, установила противоречия федеральному законодательству, ущемляющие права потребителей — пассажиров. Так, согласно Правил авиакомпания имеет право заменить воздушное судно одного типа другим, без предупреждения, передать пассажира для перевозки другому перевозчику, изменить, а также отменить посадку в пунктах, указанных в билете, если это необходимо.

В соответствии с другим пунктом Правил авиакомпания имеет право без предупреждения отменить, задержать или перенести вылет воздушного судна на другое время, изменить предусмотренный расписанием маршрут перевозки, а также изменить пункт посадки, если такие действия необходимы вследствие требований государственных органов. Указанное противоречит Федеральному закону «О защите прав потребителей», Гражданскому и Воздушному кодексам РФ, из которых следует, что существенными условиями любого договора перевозки является цена, пункт назначения и время исполнения.

Статьей 120 Воздушного кодекса РФ установлены основания для освобождения от ответственности перевозчиков за просрочку доставки пассажиров в пункт назначения. Однако, приняв указанные выше Правила перевозки пассажиров, багажа и груза авиакомпания, «Якутия» попыталась снять с себя ответственность за ненадлежащее исполнение условий договора перевозки, оставив за собой право в одностороннем порядке изменять условия договоров, заключенных с гражданами и самостоятельно определять в каких случаях это необходимо.

Кроме того, отмена, задержка вылета и иные факты ненадлежащего исполнения условий договоров воздушной перевозки в связи с требованиями государственных органов не могут являться основаниями для освобождения авиакомпании от ответственности, кроме случаев, предусмотренных ст. 120 Воздушного Кодекса РФ. 6 марта 2007 года Якутская транспортная прокуратура принесла протест на противоречащие федеральному законодательству пункты Правил. Однако авиакомпания «Якутия» отказалась добровольно удовлетворять требования прокуратуры, считая, что данные номы соответствуют действующему законодательству. Однако суд признал требования Якутской транспортной прокуратуры законными.