Доверительное управление данной частью храма осуществляет светская организация - Фонд Храма Христа Спасителя.

Согласно распоряжению мэра Москвы № 703-РП от 15.04.2004 года Фонду Храма Христа Спасителя передано в доверительное управление помещение храма общей площадью 55692 кв. метра для использования в соотвествии с уставными задачами некоммерческой организации. Это же постановление предписывает Фонду заключить договор о совместном использовании помещений Храма с Подворьем Патриарха Московского и Всея Руси. Как следует из договора о совместном использовании помещений от 01.02.2006, заключенным между Фондом Храма Христа Спасителя и Подворьем Патриарха Московского и Всея Руси, в пользование Подворью передано всего 78 комнат общей площадью 3697,27 кв. метров, то есть менее 7% общей площади храма. Среди них: кабинеты бухгалтерии, серверная, санузлы, шаферская, трапезная, умывальня, душевая, магазин «Книжная лавка» и магазин «Иконная лавка», подсобки, кладовки и другие комнаты. Помещение Верхнего храма, где 21 февраля 2012 года состоялось выступление панк-группы Pussy Riot, Подворью Патриарха Московского и Всея Руси никогда официально не передавалось. Это обстоятельство также подтверждается выпиской из единого государственного реестра прав на недвижимое имущество и сделок с ним № 05/017/2012-576 от 18.06.2012, согласно которой помещение Верхнего храма находится в собственности города Москвы и в доверительном управлении Фонда Храма Христа Спасителя. Ограничения или обременения права на помещение Верхнего храма Управлением Росреестра по Москве не зарегистрировано.

Таким образом, музыкальный коллектив Pussy Riot исполнил свой хит «Богородица, Путина прогони» в общественном месте в помещении, принадлежащем городу Москве, оперативное управление которым осуществляет светский Фонд Храма Христа Спасителя. Религиозная организация Подворье Патриарха Московского и Всея Руси юридически оформленных прав на проведение религиозных обрядов или использование данного помещения в собственных целях не имеет. Кроме того, в день выступления Pussy Riot в данном помещении церковные службы не проводились, оно было открыто для всех посетителей, включая туристов, как многие другие общественные места Москвы: музеи, выставки, вернисажи. Очевидно, что граждане РФ, налогоплательщики, на деньги которых содержится объект муниципальной собственности - воссозданный архитектурный памятник Храм Христа Спасителя, имеют право на посещение столовой, химчистки, автомоек, автосервисов, офисов коммерческих фирм, торговых и других объектов находящихся в здании данного бизнес-центра. Законодательство РФ не запрещает исполнение песен в общественных местах. Запрет, основанный на правилах и традициях православной церкви, не может распространяться на объекты, не находящиеся в ведении РПЦ МП.

Исходя из положений ст. 14 Конституции РФ, Российская Федерация – светское государство, в связи с чем никакая религиозная организация не вправе устанавливать в не принадлежащих ей помещениях, являющихся общественным местом, собственный порядок поведения, вводить для посетителей какие-либо ограничения и запреты. Более того данные действия Религиозной организации Подворье Патриарха Московского и Всея Руси по установлению собственного порядка поведения, введению в общественном месте запретов и ограничений, основанных на правилах Трулльского и Лаодикийского церковных соборов (VII и IV века н.э.), следует квалифицировать как самоуправство (ст. 330 УК РФ).

Общество защиты прав потребителей подало заявление в Прокуратуру города Москвы с требованием привлечь должностных лиц Подворья Патриарха Московского и Всея Руси к уголовной ответственности за совершение самоуправства по самовольному распоряжению помещениями, принадлежащих городу Москве. Адвокатам обвиняемых по делу Pussy Riot ОЗПП направлены документы о принадлежности помещений Верхнего храма многофункционального бизнес-центра Храм Христа Спасителя.